官网显示，目前，中国科学院院机关包括：办公厅、科技创新发展局、基础科学研究局、战略高技术研究局、重大专项研究局、可持续发展科技研究局、科技基础能力局，学部工作局、人才与人事局、国际合作局、财务与资产管理局、审计与监督局（党组巡视工作领导小组办公室），机关党委、老专家老干部服务局。

与此前相比，科技创新发展局、基础科学研究局、战略高技术研究局、重大专项研究局、可持续发展科技研究局等院机关均为调整新设。

此外，中国科学院分院也同时减少了长春分院、南京分院。

中国科学院现分院

中国科学院原分院

中科院上海分院官网简介披露，上海分院是中国科学院的派出机构，负责联系和管理中国科学院在上海、江苏、浙江、福建及江西等地区的研究院所。2025年10月，中国科学院南京分院不再保留，并入上海分院。

目前，中科院官网“组织机构”公布的分院包括：沈阳分院、上海分院、武汉分院、广州分院、成都分院、昆明分院、西安分院、兰州分院、新疆分院。